Windowsのサポートに以下のような物がありました。
Windows Vista インストール プロセスは、数時間 ATI SB600 系列 チップセットを使用するシステムにかかることがあります。
http://support.microsoft.com/kb/931369/ja
数時間って...テストしたのでしょうか。
インストールの時に固まったように見えたのはこれだったみたいです。
しかもサポートファイルはMSへ問い合わせをしないと入手できないようです。
平日の昼間に問い合わせってどうしろと...
しばらくはNative-ATAモードでおとなしく運用しようかと思います。